都市規模で発生する、XMの異常活性化現象のことです。発生する時期や場所などは、現在ではある程度事前に予測できるようになっており、この時発生する膨大なXMエネルギーには、通常では不可能なことを実現しうる力があります。未来を変える力があるとも言われ、アノマリーで多くのポータルを制した陣営の思想は、その後のストーリーにも影響を及ぼしていくことがわかっています(こう書くとちょっとオカルトっぽいですが、それなりに説明が付いています)。

当初はただの不規則な自然現象と考えられていましたが、特定の場所で多くの人間による活発なXM活動が行われることで、人為的に引き起こされる場合もあるということがわかってきました。これが現在のNIAが主導する、アノマリー・イベントとなっています。